O Ensino Médio, fase final da Educação Básica, segundo as Diretrizes Curriculares Nacionais (Resolução CNE/CEB Nº 4, de 13 de julho de 2010) caracteriza-se como encerramento de uma etapa de estudos que tem por princípios e finalidades, entre outras, a consolidação e o aprofundamento dos conhecimentos adquiridos no Ensino Fundamental, a preparação para a cidadania e o trabalho, o desenvolvimento do educando como pessoa humana e a compreensão dos fundamentos científicos e tecnológicos presentes na sociedade contemporânea. É imprescindível, portanto, garantir ao jovem no seu percurso escolar, o aprofundamento de conhecimentos e o desenvolvimento de habilidades específicas para continuar aprendendo, de modo a ser capaz de enfrentar novas condições de ocupação e aperfeiçoamento posteriores, o desenvolvimento da autonomia intelectual e do pensamento crítico que irão assegurar-lhe a qualidade de vida tanto no campo pessoal como no campo profissional.

Além desses preceitos legais referendados acima, o Colégio Franciscano Sant'Anna prima por um trabalho educativo que traduza os valores franciscanos evidenciados na história de vida de Madre Madalena Daemen e Francisco de Assis.

Desse modo, o Ensino Médio de nosso Colégio tem a preocupação de desafiar o jovem para:
- relacionar os conhecimentos desenvolvidos e sua prática de vida;
- aperfeiçoar sua criatividade, iniciativa e autoconfiança;
- ser aluno-cidadão;
- ter autonomia intelectual e pensamento crítico;
- ser flexível e competente diante das exigências do mundo atual;
- irradiar a proposta franciscana em todos os segmentos de sua vida.